桃園捷運綠線工程進度及經費問題受到審計機關關注。審計處114年度桃園市總決算審核報告指出，捷運工程局辦理綠線計畫，受到考古文資、疫情及營建物價上漲等因素影響，工程執行進度未如預期，通車期程調整，修正計畫總經費也由原核定982.64億元擬提高至1216.16億元，增加233.52億元。審計處認為，相關情形恐增加財政負擔，要求捷工局研謀改善。
審計報告指出，行政院105年4月20日核定桃園捷運綠線綜合規劃，原核定總經費982.64億元，規劃於113年及117年分階段通車；工程執行期間陸續遭遇考古文資、嚴重特殊傳染性肺炎疫情及營建物價上漲等情形，通車時程後續調整為119年及121年。捷工局辦理修正計畫，總經費擬調增至1216.16億元，較原核定增加233.52億元、增幅約23.76％。
值得注意的是，綠線經費調整問題已連續受到審計機關關注。113年度桃園市總決算審核報告即指出，捷工局辦理修正計畫後，除總經費增加233.52億元，也規劃向中央爭取增加補助182.16億元，當時增加補助尚待中央研議；審計處並要求捷工局預先研擬中央未全額同意增加補助時的財務因應方案。
針對審計意見，捷工局在審計程序中說明，綠線修正計畫已提送中央審議，將持續爭取中央補助經費，並籌措自償性經費因應。捷工局先前也向審計機關表示，除配合中央審查及爭取補助外，並透過發行可持續發展債券等方式進行資金調度，以政府預算、租稅增額融資及土地開發等方式籌措相關財源。
依交通部公開資料，綠線修正計畫擬將總經費提高至1216.16億元，桃園方面於114年6月30日將修正報告送交通部鐵道局審查，鐵道局同年11月10日函請釐清修正報告後再送，目前公開進度仍為修正中。因此，1216.16億元仍屬修正計畫金額，尚非中央正式核定的新總經費；在審計處已示警工程進度及財政負擔之下，後續中央審議結果及捷工局如何控制增加經費、落實財源籌措，仍有待持續檢視。
