高端疫苗採購價格原本要保密30年，後來縮短到5年；10月27日晚間，衛福部長薛瑞元率領防疫團隊拜訪民進黨台北市長候選人陳時中競總後，高端突然在10月31日晚間公布每劑採購價為840元。
據慈濟基金會公布的財報，去年採購BNT疫苗的花費約32億1000萬，購買506萬9000劑，平均每劑約630元。鴻海集團創辦人郭台銘去年也在臉書透露，他在歐洲施打BNT疫苗，當地收費約35美元（約新台幣971元），當初永齡與台積電則以每劑30至33美元（約新台幣833至916元）的簽約價買到疫苗。
後來，綠媒找出台積電、鴻海採購BNT疫苗時發布的重訊，500萬劑疫苗約花費1億7500萬美元，換算單價約35美元，以當時匯率計算，每劑價格約台幣1050元。
防疫學會理事長王任賢則認為，高端疫苗未完成二期人體實驗，就以「免疫橋接」的理論取得指揮中心的緊急授權，因此無法像完成三期人體實驗的BNT、莫德納等標明「適應症」；高端疫苗也不被美日等國接受，造成國人入境這些國家時的不便。
在這種情況下，指揮中心還拿高端售價去比國外疫苗價格，「根本就是拿橘子去比蘋果，」王任賢說。
王任賢指出，事實上，政府買的國外疫苗都比國際平均售價高，但這情有可原，可以歸究台灣的國際處境困難，但接受政府至少5億元補助的國產高端疫苗竟然還賣得跟國外疫苗一樣貴，就不對了。
10月6日，立法院財政委員會討論新冠疫苗議題時，國民黨立委根據審計部提供的數字猛攻高端疫苗採購價格太高。
賴士葆以審計部最新提供的數字計算，截至9月底，台灣採購疫苗的平均價格為每劑634元，但外傳高端單劑價格高達881元、多劑型平均一劑810元，如以每劑800元計算，會比其他廠牌疫苗價格貴26.2%；以850元計算，價格更多出34%。
高端疫苗價格也成為藍白陣營攻擊陳時中的「重型武器」。國民黨台北市長候選人蔣萬安說，數據會說話，有120萬劑高端要被銷毀，總額大概要10億元，BNT只有6萬多劑會被銷毀，高端要被銷毀的數量是BNT的十幾廿倍，人民眼睛比陳時中要雪亮得多。
無黨籍市長候選人黃珊珊則批評，薛瑞元等人拜訪完陳時中後，高端就突然公布價格，之前不是說要封存三十年，而且是高度機密嗎？現在是否違反保密協定？她認為，「有用的（疫苗），多少錢都值得，沒有保護力的，一塊錢都嫌貴。」
