考慮到青少年接種第2劑BNT疫苗恐引發心肌炎的風險，疫情指揮中心已全面暫緩12至17歲青少年接種第2劑BNT疫苗；但依疾管署資料，目前已有1036名青少年接種2劑BNT疫苗。
那麼未來是否要繼續替青少年接種第2劑BNT？指揮中心發言人莊人祥回應稱，雖然暫緩接種，但政策是針對「校園施打」，並未禁止「校外」施打，父母帶孩子到醫療院所接種，不算是誤打；他又說，「雖不禁止，但也不鼓勵家長帶孩子去施打。」
這種「不拒絕、不負責」的態度被網民罵翻了。
毒理醫學專家招名威指出，很多國家目前都禁止替青少年施打第2劑BNT，原因是施打後心肌炎案例暴增，因而多數專家對青少年接種第2劑BNT，目前都持保留態度。
招名威指出，台灣目前接種BNT的青少年多為9月被開學時，反正在12月底之前，都是疫苗保護的有效期限內，在接種第2劑副作用不明的情況下，指揮中心可以暫停接種、花時間進行詳細評估，包括檢視國際專業報告及國內的接種反應。
招名威指出，西方臨床數據可能涉及人種差異，但韓國青少年接種BNT後發生心肌炎的比例偏高，就值得台灣注意了。
10月份，韓國發表了一例與疫苗相關的心肌炎死亡案例，一名22歲年輕人在施打BNT疫苗5天後，有心絞痛，在7小時後死亡，台灣專家形容：「這是第一例疫苗相關心肌炎死亡的案例。」
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